Quimioterapia: acesso aberto
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Abstrato

Uma nova estratégia para identificar o mRNA 3′ UTR e a diferença de nível de mRNA na doença de Crohn

Tuo Hu, Hua-shan Liu, Chi Zhou, Xian-rui Wu, Yu-feng Chen, Xuan-hui Liu, Xiao-wen He, Yi-feng Zou, Xiao-sheng He, Xiao-jian Wu, Ping Lan e Jia Ke

Resumo Justificação e objetivos: A doença de Crohn (DC) é uma doença inflamatória crónica e refratária do intestino. A região 3' não traduzida (3' UTR) do transcrito de mRNA pode regular o seu próprio processo de tradução pós-transcipalmente, e o seu papel na DC permanece obscuro. O objetivo deste estudo foi identificar os genes críticos que influenciam o fenótipo da DC através da regulação do mRNA 3′ UTR. Métodos: O modelo de mudança estrutural de isoforma (IsoSCM) foi utilizado para avaliar o comprimento de 3' UTR de todo o transciptome a partir de uma base de dados de CD on-line baseada em RNA-seq. As correlações entre o estado do comprimento 3′ UTR e o nível de mRNA foram analisadas pelos coeficientes de Spearman. A lista de genes correlacionados foi sobreposta à lista de genes críticos relacionados com a DC publicada. Foram realizadas análises univariadas e multivariadas para identificar os genes associados ao fenótipo da DC. Resultados: Em comparação com o controlo normal, 3′ UTR de 34.192 genes foram encurtados e 57.389 foram alongados entre 432.784 genes em doentes com DC. Verificou-se que as alterações 3 'UTR de 255 genes estão significativamente correlacionadas com o seu nível de mRNA. Além disso, 8 genes sobrepostos foram partilhados por acima de 255 genes correlacionados e lista conhecida de genes relacionados com a DC (ABCB1, FAF1, TUT2, IL27, JAK2, LTB, NAGLU e PTPN2). Verificou-se que o nível de mRNA de ABCB1 e JAK2 e o comprimento 3' UTR encurtado do transcrito JAK2 estavam correlacionados com úlcera profunda em doentes com DC por análise univariada e multivariada. Conclusões: Foi confirmado que as alterações 3’UTR dos genes relacionados com a DC estão relacionadas com o fenótipo da DC. As nossas descobertas podem fornecer mais informações sobre os mecanismos epigenéticos e as estratégias terapêuticas para a DC.