Jornal de Ciências Teóricas e Computacionais
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Abstrato

Uma pesquisa para prever a base do fator B na sequência proteica

Runyu Jing, Yuelong Wang, Yiming Wu, Yongpan Hua, Xu Dai1 e Menglong Li

O fator B, também designado por fator Debye-Waller ou fator de temperatura, é um descritor da flexibilidade da proteína e é comummente utilizado em ficheiros no formato PDB (Protein Data Bank). Um factor B podia ser medido a partir de um cristal proteico por dispersão de raios X, mas não podia ser obtido directamente a partir da sequência proteica. Assim, prever o factor B apenas com base na sequência proteica poderá fornecer algumas referências para os investigadores relacionados. Neste estudo, tentámos prever o fator B com base na sequência proteica. A informação no índice AA e a estrutura secundária da proteína prevista, acessibilidade relativa, desordem e alterações de energia são utilizadas para descrever os resíduos de aminoácidos. Quatro métodos de aprendizagem automática são utilizados para modelagem e previsão. A validação cruzada de 5 vezes é utilizada para avaliar o desempenho da modelação. Como resultado, este trabalho forneceu alguns novos métodos para prever e analisar o fator B com base na sequência da proteína, e esperamos que este trabalho possa ser útil para a investigação relacionada.