Revista de Métodos de Diagnóstico Médico
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Abstrato

Validação clínica de um teste de painel de sequenciação de nova geração para o cancro colorretal hereditário

Ferber MJ, Peterson LM, Blommel JH, Fadra NM, Thomas BC e outros

Enquadramento: A aplicação do sequenciamento de nova geração (NGS) está a revolucionar a indústria de diagnóstico molecular clínico. À medida que isto ocorre, as orientações para a validação dos processos NGS são limitadas, inespecíficas e evoluem rapidamente. Os projetos de validação de NGS são complexos e dispendiosos, pelo que as experiências de validação devem ser cuidadosamente consideradas, garantindo ao mesmo tempo que todos os requisitos regulamentares atuais e em evolução são cumpridos.

Métodos: Validámos um processo de teste genético ponta a ponta para um painel NGS de cancro colorretal hereditário de 16 genes. O fluxo de trabalho global foi concebido para fornecer dados de sequenciação de alta qualidade a 100% das nossas regiões-alvo. Os parâmetros de ensaio testados foram a exatidão, precisão, intervalo reportável, intervalo de referência, sensibilidade analítica e especificidade analítica.

Resultados: Foram realizadas cinco execuções de instrumentos, abrangendo 115 amostras, através de uma validação de processo end-to-end. A precisão global da porção NGS do ensaio foi de 99,98%. A precisão da deteção da variante de nucleótido único foi de 100%. A precisão de deteção da variante de inserção/eliminação (INDEL) foi de 100% para INDELs de um a oito nucleótidos e de 97% no geral (intervalo de um a 14 nucleótidos) por NGS. Não houve falsos negativos no nosso conjunto de dados para uma sensibilidade de 100%.

Conclusão: Dada a relativa novidade do NGS no ambiente clínico e a rápida evolução da orientação externa, os laboratórios clínicos devem desenvolver as suas próprias estratégias para conceber, desenvolver, validar e implementar ensaios NGS. As nossas experiências destacam a estratégia escolhida, bem como alguns dos benefícios e limitações do NGS.