Jornal de Imunologia Clínica e Celular
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Abstrato

Análises comparativas de tecnologias de tipagem HLA de baixa, média e alta resolução para populações humanas

Malali Gowda, Sheetal Ambardar, Nutan Dighe, Ashwini Manjunath, Chandana Shankaralingu, Pradeep Hirannaiah, John Harting, Swati Ranade, Latha Jagannathan e Sudhir Krishna

Os genes codificadores do Antígeno Leucocitário Humano (HLA) fazem parte do complexo principal de histocompatibilidade (MHC) no cromossomo humano 6. Esta região é uma das regiões mais polimórficas do genoma humano. O conhecimento prévio dos polimorfismos alélicos do HLA é clinicamente importante para a correspondência do doador e do receptor durante o transplante de órgãos/tecidos. As informações alélicas do HLA também são úteis para prever respostas imunes a várias doenças infecciosas, distúrbios genéticos e condições autoimunes. A Índia abriga mais de um bilhão de pessoas e sua população é inexplorada para diversidade alélica do HLA. Neste estudo, exploramos e comparamos três métodos de tipagem de HLA para a população do sul da Índia, usando Sequence-Specific Primers (SSP), NGS (Roche/454) e plataformas de sequenciamento de molécula única (PacBio RS II). Mais de 1020 amostras de DNA foram tipadas em baixa resolução usando o método SSP para determinar os principais alelos HLA dentro da população do sul da Índia. Esses estudos foram acompanhados com tipagem HLA de média resolução de 80 amostras com base em sequências exônicas no sistema de sequenciamento Roche/454 e tipagem de alta resolução (6-8 dígitos) de 8 amostras para alelos HLA de genes de classe I (HLA-A, B e C) e genes de classe II (HLA-DRB1 e DQB1) usando a plataforma PacBio RS II. As leituras longas fornecidas pela tecnologia SMRT cobriram os genes/alelos de classe I e classe II de comprimento total em leituras contíguas, incluindo regiões não traduzidas, éxons e íntrons, que forneceram informações de SNP em fases. Identificamos três novos alelos de dados PacBio que foram verificados pelo sequenciamento Roche 454. Este é o primeiro estudo de caso de tipagem HLA usando tecnologias NGS de segunda e terceira geração para uma população indiana. A plataforma PacBio é uma plataforma promissora para tipagem HLA em larga escala para estabelecer um banco de dados HLA para as populações étnicas inexploradas da Índia.