Jornal de Ensaios Clínicos
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Abstrato

Análise abrangente da informação biológica do gene PTEN no Pan-Cancer

Hang Zhang†, Wenhan Zhou, Xiaoyi Yang, Shuzhan Wen, Baicheng Zhao, Jiale Feng, Bozhou Chen, Shuying Chen*

Antecedentes: O PTEN era um gene supressor tumoral multifuncional que sofre mutação a alta frequência numa variedade de cancros. No entanto, a sua expressão no pan-cancro, genes correlacionados, prognóstico de sobrevivência e vias regulatórias não foram completamente descritas. Aqui, pretendemos realizar uma análise abrangente a partir das perspetivas acima referidas, de forma a fornecer referência para aplicação clínica. Métodos: Estudámos os níveis de expressão em cancros utilizando dados da base de dados TCGA e GTEx. Obter gráfico de caixa de expressão da base de dados UALCAN, realizar análise de mutação no site cBioportal, obter
genes de correlação no site GEPIA, construir rede proteica e realizar análise de enriquecimento KEGG e GO na base de dados STRING e conduzir análise prognóstica no site Kaplan-Meier Plotter. Também realizámos a previsão de fatores de transcrição na base de dados PROMO e a associação RNA-RNA/interação RNA-proteína no servidor Web RNAup e RPISeq. A estrutura 3D do gene, a sequência proteica e o domínio conservado foram obtidos a partir do NCBI.
Resultados: O PTEN foi subexpresso em todos os cancros que estudámos. Estava intimamente relacionado com o estádio clínico dos tumores, sugerindo que o PTEN pode envolver o desenvolvimento e progressão do cancro. As mutações do PTEN estavam presentes numa variedade de cancros, a maioria dos quais eram mutações truncadas e mutações missense. Entre os cancros (KIRC, LUAD, THYM, UCEC, cancro gástrico, cancro do fígado, cancro do pulmão, cancro da mama), os doentes com baixa expressão de PTEN tiveram um tempo de OS mais curto e pior prognóstico de OS. A baixa expressão de PTEN pode causar deterioração da RFS em certos tipos de cancro (TGCT, UCEC, LIHC, LUAD, THCA), sugerindo que a expressão de PTEN estava relacionada com o prognóstico clínico. O nosso estudo identificou genes correlacionados com o PTEN e realizou a análise de enriquecimento GO em 100 genes relacionados com o PTEN obtidos no site do GEPIA. Conclusão: A compreensão do gene PTEN e a exploração aprofundada das suas vias regulatórias relacionadas podem fornecer informações para a descoberta de biomarcadores específicos de tumores e potenciais alvos terapêuticos clínicos.