Jornal de Ensaios Clínicos
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Abstrato

Efeitos funcionais de quatro ou menos genes críticos ligados ao cancro do pulmão e novos subtipos detetados por um novo classificador de aprendizagem automática

Zhengjun Zhang

Encontrar genes biologicamente relacionados, direta ou indiretamente, com o cancro do pulmão tem chamado muita atenção, e muitos genes diretamente relacionados com o cancro do pulmão têm sido relatados. No entanto, não foi confirmado se estes genes “chave” publicados são verdadeiramente críticos para a formação do cancro do pulmão, ou seja, podem conter informação útil muito limitada. Como resultado, encontrar genes essenciais continua a ser um desafio para a investigação do cancro do pulmão. Utilizando um método de análise de fatores lineares concorrente recentemente desenvolvido na deteção de genes diferencialmente expressos, avançámos o estudo da deteção de genes críticos do cancro do pulmão a um nível uniformemente informativo. Um conjunto de quatro genes comuns e os seus efeitos funcionais são detetados como diferencialmente expressos em amostras tumorais e não tumorais com 100% de sensibilidade e 100% de especificidade num estudo de adenocarcinoma do pulmão (LUAD) e num estudo de cancro do pulmão de células escamoso (LUSC). ) (duas coortes norte-americanas com 20.429 genes, 576 e 552 amostras respectivamente). Duas análises adicionais obtiveram também uma precisão de 97,8% de sensibilidade e 100% de especificidade num estudo de carcinomas pulmonares de células não pequenas (NSCLC, uma coorte europeia com 20.356 genes e 156 amostras), e uma precisão de 100% de sensibilidade e 95% de especificidade ( 1 em 20 amostras não tumorais) num estudo de adenocarcinomas pulmonares ALK-positivos e EGFR/KRAS/ALK-negativos (LUAD, uma coorte japonesa com 20356 genes e 224 amostras). Existem alguns genes comuns, mas efeitos funcionais diferentes, dentro de cada conjunto de quatro genes entre duas coortes norte-americanas e uma coorte europeia e entre as coortes norte-americanas e a coorte japonesa. Estes resultados mostram que os classificadores baseados em quatro genes são robustos e precisos com diferentes tipos de cancro do pulmão e diferentes coortes raciais. Os efeitos funcionais de quatro genes revelam significativamente outros mecanismos (mistérios) entre o LUAD e o LUSC. Estes conjuntos de quatro genes e os seus efeitos funcionais são considerados essenciais para os estudos e a prática do cancro do pulmão. Os efeitos funcionais destes genes classificam naturalmente os doentes em diferentes grupos (mais de sete subtipos). As informações do subtipo são úteis para terapias personalizadas. As novas descobertas poderão motivar novas investigações sobre o cancro do pulmão em direcções mais focadas e direccionadas para salvar vidas, proteger pessoas e reduzir enormes custos económicos na investigação e tratamentos do cancro do pulmão.