Revista de Métodos de Diagnóstico Médico
Acesso livre

Abstrato

Identificação de subtipos tumorais de carcinoma do endométrio por integração de conjuntos de dados heterogéneos

Kim H, Bredel M, Park H, Chuang JH

O projeto Cancer Genome Atlas (TCGA) disponibilizou vários conjuntos de dados heterogéneos. Embora tenham sido propostas várias abordagens metodológicas para a integração de dados heterogéneos, não existe uma estrutura de fatorização de matriz não negativa (NMF) esparsa para lidar com a integração de dados biológicos heterogéneos. Aqui, propomos o NMF esparso ponderado em bloco (bwsNMF) para identificar subtipos tumorais de carcinoma do endométrio, integrando a expressão genética, mutações, uma rede de interação proteína-proteína e uma rede alvo de fatores de transcrição.