Christian Garde, Ramarathinam H, Emma C Jappe, Morten Nielsen, Jens V Kringelum, Thomas Trolle e Anthony W Purcell
A apresentação do antígeno da classe II do complexo principal de histocompatibilidade (MHC) é um componente-chave na obtenção de uma resposta de células T CD4+. A previsão precisa das interações peptídeo-MHC (pMHC) tornou-se, portanto, uma pedra angular na definição de candidatos a epítopos para o design racional de vacinas. As ferramentas atuais de previsão de pMHC têm, até agora, focado principalmente na inferência da afinidade de ligação in vitro. No estudo atual, reunimos um grande conjunto de ligantes eluídos de MHC classe II gerados por espectrometria de massa para orientar a previsão da apresentação do antígeno de MHC classe II. Demonstramos que os modelos desenvolvidos em ligantes eluídos superam aqueles desenvolvidos em dados de afinidade de ligação de pMHC.
O desempenho preditivo pode ser ainda mais aprimorado pela combinação dos dados de afinidade do ligante eluído e do pMHC em um único modelo de predição. Além disso, ao incluir dados do ligante, a preferência de comprimento do peptídeo da classe II do MHC pode ser aprendida com precisão pelo modelo de predição. Finalmente, demonstramos que nosso modelo supera significativamente o atual método de predição de última geração, NetMHCIIpan, em um conjunto de dados externo de ligantes eluídos e parece superior na identificação de epítopos de células T CD4+.