John R Caskey, Roger W Wiseman, Julie A Karl, David A Baker, Taylor Lee, Robert J Maddox, Muthuswamy Raveendran, R Alan Harris, Jianhong Hu, Donna M Muzny, Jeffrey Rogers e David H O'Connor
A variação do complexo principal de histocompatibilidade (MHC) do macaco rhesus indiano pode influenciar os resultados de transplantes e estudos de doenças infecciosas. Frequentemente, os macacos rhesus são genotipados para MHC para identificar variantes que podem ser responsáveis por resultados inesperados. Como o MHC é apenas uma região no genoma onde a variação pode impactar os resultados experimentais, estratégias para perfilar simultaneamente a variação no MHC do macaco e o restante do genoma codificador de proteínas seriam úteis. Aqui, determinamos os genótipos de classe I e classe II do MHC usando sondas de captura de alvo enriquecidas para sequências de MHC, um método que chamamos de genotipagem de sequência de exoma de macaco (MES). Para uma coorte de 27 macacos rhesus indianos, descrevemos dois métodos para obter genótipos de MHC a partir de dados de MES e demonstramos que os resultados de genotipagem de classe I e classe II do MHC obtidos com esses métodos são 98,1% e 98,7% concordantes, respectivamente, com os genótipos de MHC esperados. Em contraste, os resultados convencionais de genotipagem do MHC obtidos por sequenciamento profundo de amplicons curtos de PCR multiplex foram apenas 92,6% concordantes com as expectativas para esta coorte.