Quimioterapia: acesso aberto
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Abstrato

Análise Pan-cancerígena identifica SEC11A como biomarcador imunológico e prognóstico

Qingqing Wu, Chengdong Liu, Guangzhao Huang, Xinyan Lu, Xiaozhi Lv, Tingru Shao

Objectivo: Evidências limitadas sugerem um papel vital para o SEC11A na carcinogénese. O nosso estudo incluiu uma análise integrada sobre as características moleculares e a relevância clínica do SEC11A em todo o cancro com base em dados multiómicos.

Materiais e métodos: A expressão de SEC11A foi comprovada em 33 tipos de tumor e amostras normais, utilizando perfis de transcriptoma do projeto Cancer Genome Atlas-Genotype-Tissue Expression (TCGA-GTEx) e dados protrómicos do projeto Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC ) . As alterações no número de cópias e metilação de SEC11A foram investigadas em todo o cancro com cBioPortal. A relevância clínica e as implicações prognósticas do SEC11A foram avaliadas nas coortes do Atlas do Genoma do Cancro (TCGA). Uma Análise de Enriquecimento de Conjunto de Genes (GSEA) de SEC11A foi realizada em Carcinoma de Células Escamosas de Cabeça e Pescoço (HNSCC) com um pacote de perfil de cluster. A demonstração de SEC11A com infiltrações de células imunológicas foi estimada com Estimativa das proporções de células imunológicas e cancerígenas (EPIC), Recurso de estimativa imunológica tumoral (TIMER), xCELL, Contador de situação de células de microambiente (contador MCP), quanTIseq, Identificação de tipo de células por estimativa Algoritmos de Subconjuntos Relativos de Transcrição de RNA (CIBERSORT) e Identificador de Abundância de Células Imunes (ImmuCellAI). Os valores de Concentração Inibitória (IC ₅₀ ) dos agentes anticancerígenos foram curados do projeto Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) e foram calculados como as suas correlações com o SEC11A.

Resultados: Verificámos que a expressão de SEC11A foi regulada positivamente na maioria dos tipos de cancro (24/33), enquanto que quantidades foram reguladas em 3 tipos de cancro. A amplificação genética em SEC11A foi generalizada em todo o cancro. Verifique se existem correlações negativas da expressão do ácido ribonucleico (RNA) SEC11A com o nível de metilação. A sobre-regulação do SEC11A indicou um prognóstico desfavorável no carcinoma adrenocortical e no CECP. Além disso, o SEC11A esteve intimamente envolvido no ciclo celular, na regulação do TP53 e no processamento de antigénios. O SEC11A foi positivamente associado a macrófagos e fibroblastos associados a tumores, mas os níveis associados a células T CD8 ⁺ . A expressão de SEC11A foi positivamente correlacionada com a resistência aos fármacos anticancerígenos.

Conclusão: Estes sugeriram que os resultados do SEC11A poderiam atuar como um biomarcador prognóstico em todo o cancro. A sobre-regulação do SEC11A foi relacionada com o estado imunossupressor do tumor. Cole, os nossos resultados ofereceram especificamente um recurso relevante que pode orientar a análise mecanística e terapêutica do SEC11A em todos os tipos de cancro.