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Abstrato

A seleção da puromicina confunde os perfis de sequência de RNA de eritroblastos humanos primários

de Vasconcellos

A transdução lentiviral seguida da determinação de puromicina é um método muito percebido para
testes de troca e articulação de qualidade, utilizando uma variedade de tipos de células, incluindo células estaminais hematopoiéticas humanas e
células ancestrais. Independentemente da sua ampla aplicação, a investigação em relação aos prováveis ​​impactos da
articulação da qualidade da puromicina N-acetiltransferase (pac) bacteriana nas sociedades de células de mamíferos é inadequada. Aqui, o potencial da
determinação da puromicina para influenciar os perfis do transcriptoma foi analisado utilizando um modelo muito lido para
a eritopoiese humana. As análises foram realizadas utilizando células CD34 (+) essenciais de seis colaboradores humanos adultos e saudáveis,
transduzidas com dois vetores lentivirais codificadores de pac monetariamente acessíveis e contrastadas com
células de controlo não transduzidas. Foram criados perfis de articulação de qualidade RNA-Seq na fase de
separação do proeritroblasto, nesta altura a articulação de qualidade diferencial foi examinada com DEseq2 na programação R-Studio.
Entre a variedade de benfeitores nos perfis de articulação de qualidade e as variedades entre as populações escolhidas pela puromicina
após a transdução dos diferentes vetores lentivirais foi demonstrada por enormes contrastes nos níveis de identificação de RNA
inferiores a 0,1%. No entanto, a escolha da puromicina após a transdução da qualidade do pac causou alterações críticas em
5% do mRNA final quando contrastado com os controlos não transduzidos. Os resultados sugerem que se deve pensar
na capacidade da determinação da puromicina confundir a tradução dos perfis do transcriptoma RNA-Seq.