Jornal de Oftalmologia Clínica e Experimental
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Abstrato

Rastreio do gene RB1 em doentes argelinos e previsão da patogenicidade das variações por análise in silico

Amina Mama Boubkeur, Lotfi Louhibi, Meriem Abdi, Fatima Zohra Moghtit, Nacera Tabet Aoul, Rym Abderrahmane, Khadija Mahmoudi, Meriem Aberkane e Nadhira Saidi-Mehtar

O retinoblastoma é um tumor retinal pediátrico iniciado pela inactivação bialélica do gene do retinoblastoma ( RB1 ). A maior parte da alteração é única e está distribuída aleatoriamente por toda a região de codificação. Este estudo teve como objetivo em primeiro lugar identificar mutações que possam afetar o gene RB1 a nível constitucional e que contribuam para a compreensão da patogénese molecular desta doença e para a deteção precoce de indivíduos de risco e portadores assintomáticos. A deteção de variações nos ADNs de 30 doentes foi realizada por cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) seguida de sequenciação. Em segundo lugar, desenvolvemos um protocolo de análise in silico utilizando diferentes softwares baseados em métodos analíticos (Align GVGD, Mutation taste, SIFT, PolyPhen, I-Mutant e KD4V) e estruturais (Swiss-Pdb Viewer). Este protocolo foi utilizado para prever os efeitos deletérios das mutações na proteína pRb. O espectro de mutações incluiu 2 mutações missense, 1 mutação nonsense, 1 deleção, 1 mutação que afeta o local de splicing e 2 polimorfismos. Entre estas mutações, algumas foram identificadas a nível germinativo para crianças sem história familiar da doença. Portanto, a análise in silico identificou apenas três mutações causais, a primeira mutação intrónica no local doador de splicing causou provavelmente uma mudança de quadro, dando origem a uma proteína truncada. Previu-se que a segunda mutação missense c. 1903 G˃C afetaria os processos de splicing. A terceira mutação c. 1961T>A localizada no exão 20 pode perturbar a função e estrutura da proteína.
Neste estudo, a análise in silico mostrou o efeito das mutações na estrutura e função da proteína. É interessante comparar estes resultados com outros estudos funcionais para avaliar a funcionalidade das mutações.