Imunoterapia: acesso aberto
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Abstrato

A Diversidade e Heterogeneidade do TCR e BCR no Pan-Cancer

Yu-Bao Chen*, Bo Li1, Wen-Xiang Hu*, Li-Da Xu*, Hui-Xue Tang, Jing Zhang, Jin-Dan Guo

Introdução: Com o desenvolvimento da tecnologia de sequenciação, o RNA-seq está a tornar-se cada vez mais popular. O método de utilização da tecnologia RNA-seq para analisar o repertório imunitário tem as vantagens de uma baixa exigência de amostras, operação simples e informação abrangente.

Métodos: Os dados de sequenciação de RNA foram descarregados do SRA no NCBI, incluindo 79 pares de amostras de tecidos cancerosos e não cancerosos adjacentes de quatro tipos representativos de cancro. código de barras e bases de baixa qualidade. O pacote de software MiXCR foi empregue para extrair sequências de recetores do repertório imunitário.

Resultados: Os dados de RNA-seq da base de dados pública foram utilizados para analisar e comparar as sequências de TCR e BCR de cancro e tecidos normais em quatro tipos de cancro, incluindo adenocarcinoma do cólon, adenocarcinoma do pulmão, adenocarcinoma do pâncreas e adenocarcinoma do estômago. Verificou-se que a diversidade clonal do TCR entre vários tipos de cancro é diferente, e a variedade de BCR entre tecidos cancerígenos e tecidos saudáveis ​​é óbvia. Com base na análise de sequências de CDR3 não partilhadas, o grau de heterogeneidade do TRB é de diferentes tipos de cancro, diferentes indivíduos com o mesmo cancro, tecidos cancerígenos e tecidos paracancerígenos do mesmo indivíduo. Além disso, a correlação entre os níveis de expressão dos cinco principais genes dos pontos de controlo imunitário e a contagem de clones de TCR apresentou variação entre os diferentes tipos de cancro.

Conclusão: Através da análise dos repertórios imunológicos em tecidos cancerígenos e tecidos não cancerígenos adjacentes de COAD, LUAD, PAAD e STAD, não foram encontradas diferenças significativas na contagem de TCR e nas entropias de Shannon dentro do mesmo tipo de cancro. Mas existem diferenças significativas nos números de TCR e nas entropias de Shannon entre os diferentes tipos de cancro. Os resultados verificam a vantagem da análise de RNA-seq na aquisição do repertório imunitário individual.