Jornal de antivirais e antirretrovirais
Acesso livre

Abstrato

Para sondar a adaptabilidade conformacional do segmento conservado do GPGR no loop V3 do VIH-1

Sudha Srivastava e Meena Kanyalkar

Para conceber uma vacina eficaz contra o VIH, é importante estudar a relação entre a diversidade de sequências e as conformações dos principais péptidos determinantes neutralizantes (PND), a região hipervariável da gp120. Dois fragmentos 318-327 e 315-329 da gp120 estão mapeados como PND e podem induzir atividade linfocitária citotóxica específica do VIH-1 que poderia matar células infetadas por vírus. Consequentemente, o desenho de uma conformação mais ordenada e biologicamente relevante da região imunogénica da alça gp120-V3 pode auxiliar no desenho de imunógenos mais eficazes para o desenvolvimento de vacinas contra o VIH-1. De forma a esclarecer as preferências estruturais ideais, explorámos a adaptabilidade conformacional de dois fragmentos da alça V3 da gp120 que contém a sequência GPGR abrangendo principalmente a região da coroa. A espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN) e as simulações de dinâmica molecular (MD) têm sido utilizadas para mapear a conformação em diversos sistemas de solventes, como a água e a hexafluroacetona (HFA). No HFA, o fragmento de maiores dimensões, 315-329 apresenta algum grau de inclinação para a formação de estrutura secundária. Isto indica que o comprimento do fragmento é crucial para atingir a estrutura secundária, que pode ser responsável pelo estado hipervariável da alça V3. No entanto, na água, ambos os fragmentos não apresentam preferências conformacionais específicas.