Transcrição: acesso aberto
Acesso livre
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Ahsan Huda e Pierre R Bushel
Enquadramento: Os Elementos Transponíveis (TEs) têm sido considerados durante muito tempo como ADN egoísta ou lixo, tendo pouco ou nenhum papel na regulação ou funcionamento do genoma humano. No entanto, ao longo dos últimos anos, esta visão tem sido desafiada, uma vez que vários estudos forneceram provas anedóticas e globais da contribuição dos TE para as necessidades regulatórias e de codificação dos genes humanos. Neste estudo, explorámos a incorporação e regulação epigenética de sequências codificantes doadas por TEs utilizando a expressão génica e outros dados genómicos auxiliares de duas linhagens celulares hematopoiéticas humanas: GM12878 (uma linhagem celular linfoblastóide) e K562 (uma linhagem celular de leucemia mielóide crónica). Em cada linha celular, encontrámos vários milhares de casos de TEs a doar sequências codificantes a genes humanos. Comparámos a montagem do transcriptoma das leituras de sequenciação de RNA (RNA-Seq) com e sem o auxílio de um transcriptoma de referência e verificámos que a percentagem de genes que incorporam TEs nas suas sequências codificantes é significativamente maior do que a obtida a partir dos conjuntos de transcriptoma de referência utilizando os Modelos genéticos Refseq e Gencode. Também utilizámos dados de sequenciação de imunoprecipitação de cromatina de modificações de histonas (ChIP-Seq), dados de análise de expressão genética (CAGE) e dados de sítio de hipersensibilidade DNAseI (DHS) para demonstrar a regulação epigenética das sequências codificantes derivadas de TE . Os nossos resultados sugerem que os TE formam uma percentagem significativamente maior de sequências codificantes do que as representadas nas bases de dados de anotação de genes e estas sequências derivadas de TE são reguladas epigeneticamente de acordo com a sua expressão nos dois tipos de células.