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Abstrato

Análise do transcriptoma global e identificação de genes diferencialmente expressos após infeção de Fragaria vesca com oídio (Podosphaera aphanis)

Shridhar Jambagi, Jim M. Dunwell

Enquadramento: Podosphaera aphanis, o agente causal do oídio do morangueiro, causa perdas económicas significativas em todo o mundo.

Métodos: Utilizámos a espécie diplóide de morangueiro Fragaria vesca como modelo para estudar as interações fitopatógenos. O RNA-seq foi empregue para gerar um conjunto de dados do transcriptoma de dois acessos, F. vesca ssp. vesca Hawaii 4 (HW) e F. vesca f. semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW) aos 1 d (1 DAI) e 8 d (8 DAI) após a infecção.

Resultados: Do total de leituras identificadas cerca de 999 milhões (92%) mapeadas para o genoma de F. vesca. Estas transcrições foram derivadas de um total de 23.470 e 23.464 genes em HW e YW, respetivamente, dos três momentos (controlo, 1 e 8 DAI). A análise identificou 1.567, 1.846 e 1.145 genes regulados positivamente entre o controlo e 1 DAI, controlo e 8 DAI, e 1 e 8 DAI, respetivamente em HW. Da mesma forma, 1.336, 1.619 e 968 genes foram regulados positivamente em YW. Também 646, 1098 e 624 genes regulados negativamente foram identificados em HW, enquanto 571, 754 e 627 genes foram regulados negativamente em YW entre os três momentos, respetivamente.

Conclusão: A investigação de genes diferencialmente expressos (alterações log2 vezes ?5) entre o controlo e 1 DAI em HW e YW identificou um grande número de genes relacionados com o metabolismo secundário, transdução de sinal; a regulação transcricional e a resistência a doenças foram altamente expressas. Estes incluíram flavonóide 3´-monooxigenase-monooxigenase, peroxidase 15, glucano endo-1,3-?-glucosidase 2, quinases semelhantes a receptores, factores de transcrição, proteínas semelhantes a germes, proteínas F-box, NB-ARC e NBS- LRR proteínas. Esta é a primeira aplicação de RNA-seq a qualquer interação com agentes patogénicos em morango.